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肾囊肿在中医中无相应的病名，根据其临床表现可归属"尿血"、"腰痛 "、"积聚"、"虚劳"等病范畴。《灵枢。本脏篇》指出 " 肾大则善病腰痛，易伤以邪" 。而《灵枢。胀论篇》又有"肾胀"之记载，如"肾胀者，腹满引背央央然，腰髀痛"等描述，与肾囊肿的主证特点相类似。
总结历史文献，并结合肾囊肿的临床特点，专家认为，肾囊肿发病与肾精亏虚、气血不畅，痰浊内生，脉络淤阻有关，单纯的手术治疗治标不治本，不能从根本上抑制囊肿的增大，因此最好应用中西医结合治疗，通过活血通络、祛瘀清除等作用，使肾囊肿自然缩小。其具体的发病原因及过程如下：
1、单纯性肾囊肿的发病原因
单纯性的肾囊肿有可能来源于未成熟肾小球发育中的潴留性囊肿，或炎症、局部缺血引起的管道系统梗阻的结果。
2、多囊肾的发病原因
多囊肾系肾脏的皮质，髓质出现无数小囊的一种遗传性疾病，当囊肿较小时对肾实质不造成任何威胁，但囊肿随着病人年龄的增长逐渐增大，在增大过程中由于囊肿压迫了肾组织和肾内血管，导致肾脏组织局部微循环障碍，使肾脏出现缺血，缺氧，因此而造成肾脏毛细血管的内皮细胞受损，并吸引血液循环中炎性细胞浸润，产生和加重了肾小球局部的炎性反应，启动了肾脏纤维化。此时如得不到及时有效的治疗控制，受损的组织细胞会释放一系列致肾毒性因子，使得肾脏固有细胞发生表型转化，加速了肾功能的损伤速度，尤其是分布在肾间质的成纤维细胞转化为肌成纤维细胞后，分泌合成大量不易被降解的细胞外基质和免疫复合物，由于合成与降解细胞外基质的动态平衡失衡，大量的细胞外基质堆积，造成肾小球硬化、肾小管萎缩，以致肾脏纤维化组织逐渐取代了健康的肾单位，肾脏功能逐渐丧失殆尽，临床发展致肾脏终末期，患者出现肾功能衰竭，即尿毒症期。
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